Le musée archéologique d'Ephèse est situé à Selcuk, près de l'entrée de la basilique Saint-Jean. Les salles du musée présentent des fouilles de la ville antique d'Éphèse, du temple d'Artémis à proximité et de la basilique Saint-Jean. A Ephèse, les œuvres d'art déterrées entre 1867-1905 ont été transportées au British Museum, celles de 1905-1923 emmenées à Vienne. Ensuite, la République turque a interdit de sortir des antiquités du pays et a fondé un musée à Selçuk près d'Ephèse. Sa forme actuelle a été donnée en 1983.
Le Musée d'Ephèse n'est pas conçu selon un ordre chronologique au contraire il a des salles à thème. Par exemple, les salles sont appelées la salle des découvertes de la maison, la salle des reliques de la fontaine, la salle des reliques funéraires, la salle d'Artémis, la section des gladiateurs...

Les points forts incluent deux statues colossales de l'Artémis éphèse. Les deux statues présentent des rangées de testicules de taureau, que l'on pense être des seins ou des œufs, mais tous symboliquement liés à l'idée de fertilité.

Parmi d'autres œuvres d'art, vous verrez des objets ménagers, notamment la statue en bronze d'Eros avec le dauphin d'une fontaine du IIe siècle et une fresque fanée du IIIe siècle de Socrate. La fresque indique l'importance de la philosophie dans la vie quotidienne des citoyens. Ici est également exposée la statue phallique originale de Bes, attachée à un pénis en érection exagéré. D'origine égyptienne, Bès était la protectrice de tout ce qui était lié à la maternité et à la procréation.

Pendant l'Empire romain, Ephèse abritait une importante école de médecine. Vous trouverez dans le musée une collection d'outils médicaux et cosmétiques ainsi qu'un mur de portraits de plusieurs médecins célèbres d'Ephèse.

Récupéré de plusieurs fontaines monumentales sont une représentation d'une Aphrodite sans tête et une tête de Zeus datant du 1er siècle après JC. De la fontaine de Trajan se trouvent une statue d'un jeune Dionysos avec un satyre et des statues de Dionysos avec des membres de la famille impériale.

De nombreux artefacts sont exposés dans les cours, dont
- le fronton du temple d'Auguste (temple d'Isis), remonté avec des statues qui avaient été déplacées vers le bassin de la fontaine de Pollio après la destruction du temple
- le sarcophage aux muses, datant au 3ème siècle après JC.
- Le monument d'Ephèse, inscrit avec les règlements douaniers émis par l'empereur Néron en 62 après JC et détaillant le processus de collecte des impôts, généralement entrepris par un tiers, plutôt que comme une activité de l'État.

La dernière salle contient des sculptures de l'époque romaine, pour la plupart éclipsées par une frise récupérée du temple d'Hadrien (dont des sections se trouvent à Vienne). La frise raconte la fondation d'Ephèse, la naissance du culte d'Artémis et la fuite des Amazones.