Située sur la colline entre Skala et Chora, la Sainte Grotte de l'Apocalypse est l'un des points de référence non seulement de Patmos, mais du christianisme dans le monde entier. Cette grotte était le refuge du disciple bien-aimé de Jésus Jean en 95 après JC. , lorsque l'empereur Domitien l'exila à Patmos, le punissant pour avoir prêché la parole de Dieu à Éphèse. Cependant, comme Jean lui-même en témoigne, il n'arrive pas à Patmos comme un perdant exilé ou un prisonnier politique dans des moments difficiles, mais comme un exilé "en mission spirituelle", continuant à transmettre la Parole et l'Essence de Dieu.

Comme l'évangéliste lui-même en témoigne au début de ce livre, "Moi, Jean, mon frère et concitoyen dans la douleur et le règne et la patience en Jésus-Christ, je suis né sur l'île appelée Patmos, pour la Parole de Dieu et le témoignage de Jésus." Je suis né dans l'esprit dimanche et j'ai entendu derrière moi une voix aussi forte qu'une trompette […] | »

Dans son exil et dans cette mission spirituelle, il est accompagné de son fidèle élève Prochoros. Selon la tradition chrétienne, pendant le séjour de Jean dans la grotte, le rocher a été déchiré et, à travers trois fentes plus petites, symbolisant la Sainte Trinité, la voix de Dieu a été entendue, qui a dicté à Jean le livre saint de l'Apocalypse. La rédaction du 4ème selon Jean l'Evangile peut avoir eu lieu au même endroit.