En 1088, Patmos avec un lingot d'or a été accordée par l'empereur byzantin Alexios I Komnenos à Saint Christodoulos le Latrinos, un moine doué et instruit de Bithynie, afin d'établir un monastère en l'honneur de l'évangéliste Jean et ainsi d'établir le sort de l'Ile.

Construit au sommet de Chora, le monastère domine toute l'île et rappelle un château byzantin. Les découvertes archéologiques témoignent qu'il a été construit sur le site d'un ancien temple d'Artémis et d'une basilique paléochrétienne. Il est entouré d'une enceinte défensive rectangulaire irrégulière datant de la fin du XIe siècle au XVIIe, tandis que de l'époque byzantine le catholique, la banque et les cellules sont conservés.

Au XIe siècle, le Catholicos a été reconstruit et au XIIe siècle, les chapelles de Panagia et Osios Christodoulos ont été ajoutées. Dans la chapelle de Panagia, du côté sud du katholikon, la décoration peinte remonte aux dernières décennies du XIIe siècle, tandis qu'au même moment et un peu plus tard, le mur du monastère a été peint, qui se trouve dans le coin nord-est du katholikon.

Les cellules sont alignées sur le côté sud de l'enceinte de fortification. Dans le monastère, il y a aussi des chapelles de l'époque post-byzantine : d'Agios Vassilios, d'Agios Nikolaos, de Timios Stavros, de Prodromos, d'Agios Apostolos (1603). Deux plus petits sont situés à l'extérieur de la cour du monastère : d'Agios Georgios et d'Agios Onoufrios (1611).

Célèbre est la riche bibliothèque du monastère et la collection de ses reliques, dont les échantillons les plus importants peuvent être admirés dans le trésor visitable, qui comprend des œuvres d'une immense valeur, des objets fonctionnels et des ustensiles à valeur artistique et éducative ainsi qu'importance et importance et les premiers temps chrétiens.